Ungefähr ab dem 12. Jahrhundert kamen in verschiedenen Gebieten Okinawas lokale Kleinfürsten an die Macht. In der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts reduzierten sich diese auf drei Königreiche. Am Anfang des 15. Jahrhunderts wurden diese vereinigt und 1429 das Ryukyu-Königreich gegründet. Im Zuge der Meiji-Restauration wurden im Jahre 1871 die alten Lehen aufgelöst und Präfekturen errichtet. 1879 löste sich das Ryukyu-Königreich auf und beendete seine 450-jährige Geschichte. An seiner Stelle entstand die heutige Präfektur Okinawa als ein Teil des japanischen Staats. Im Verlauf des 2. Weltkriegs fand im Jahr 1945 auf diesen Inseln die Schlacht um Okinawa statt. Nach dem Krieg blieb Okinawa 27 Jahre lang von amerikanischen Streitkräften besetzt und regiert. Am 15. Mai 1972 kam es schließlich zur Rückgabe Okinawas an Japan.